因此商毅也要求孙和鼎立刻扩大枪炮房的规模，至少要达到每月制造火枪三百到五百支，火炮十到二十门的水平。同时也要求火药作坊和木工作坊，加紧制造火药、车辆等。
同时商毅又重新制定了军官士兵的饷银标准，士兵被分成三个等级，分别为初级列兵、中级列兵、高级列兵。每月的饷银分别为三两、四两、五两白银。班长是八两、副班长七两，排长十二两、副排长十两，连长为十八两、副连长十六两，营长为二十四两、副营长二十一两，团长为三十两，副团长、团参谋二十七两，文书十两。
当然士兵的饷银支付也是在十两白银以内，可以自选是白银或是米支付，毎石米拆价按二两白银计算，超出十两白银的部份，一率用白银支付。另外士兵所分到的田地的租金，则是全以白银支付。
而士兵的等级划分，暂时以从军时间长短为标准，现在穆陵军的士兵大体分为三类，一是从民团时代是跟着商毅的士兵，这批士兵从军的时间最长，训练最系统也最严格，经历的战斗也很多，经验也最丰富，同时也最受商毅信任，这批士兵现在一共有两千四百多人，新编制的班长、排长等中下级军官有很多都将从他们中间选拔，而其余的也全部都提升为高级列兵。
第二类是在商毅守卫穆陵关时陆续招募，这批士兵从军的时间也不短，经历过一段时间的严格训练，基本都参加过与清军的历次作战，也有相当的作战经验，除了少数立下过一定功劳的士兵提升为高级列兵，其余全定为中级列兵。
第三类就是在守卫济南府时，从难民中招募，也包括一部份原来的青州兵，这类的人数最多，有一万二千多人。都经历过济南战役，也算见过大阵仗，但训练时间不长，基础普遍不足，因此还需要一段时间的严格训练，他们全定为初级列兵。
士兵的分级暂时就是这样确定，商毅本还打算引入后世的士、尉、校、将的军衔制度，但目前的条件还不允许他这样做，因此也暂时只定了士兵的三个等级。而低级的士兵可以通立战功，或者是通过测式，升级为中高级的士兵。商毅规定毎年都会举行一次士兵等级测式，考核通过的士兵，都可以得到晋升一级的机会。
而商毅对军队又做出了另一项大的改变——就是取消了自己军中的跪拜礼节。
来到了这个时代之后，商毅最反感和最不习惯的就是下跪叩头礼节。因为做为现代人，商毅除去在极少数特殊时候，比如祭奠去世的先辈、英烈，或者是结婚庆典这种场合，在其他时候，对无论是什么原因的下跪行为都非常排斥，无论是自己给别人还是别人给自己下跪，或者是看到别人给别人下跪，都很不适应。
在商毅看来，下级对上级下跪，绝对是一种不正常的关系行为。虽然在目前，有些时候他也不得不对别人曲膝下跪，但至少可以取消在自己军队里的跪拜行为。于是将所有的下跪礼节改成了行军礼。而且还是采用立正站好，右手四指伸直并陇，斜指在太阳穴边的后世的军礼。同时也规定，下级给上级敬礼之后，上级必须还礼。
对于这一点，穆陵军的众将都觉得非常意外，因为在他们的观念里，下级给上级下跪，是天经地义的事情。不过商毅取消下跪，只是在本军队中，而且耍说有受损的，反而是商毅自己，既然商毅这么决定，其他人也只有尊行了。
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