七月初，李柘念叨延平王的时候，延平王郑成功还在南京外城墙上发愁。
南京城攻下了，却又没完全攻下。
明军在外城，外围要点驻扎，满城却还在清军手里。
造成这样的局面，郑成功心知肚明。他来破南京，本该全力以赴，率军急进，趁着南京空虚，一举破城，震慑敌胆，为此信心十足，不仅带上了精锐，就连家属都带上了，十余万人，连江而上。
他也是打了老仗的人，不是不清楚一鼓作气的道理，可是，兵是自家的，饷也是自家的，船也是自家的，若是能不战而屈人之兵，造就“战神”美誉，传檄定江南，便不枉此行。
也许是觉得兵精粮足，敌军不堪一击，也许是有别的心思，从进入长江以来，明军的攻势并不迅捷。
唯一称得上迅捷的，是张煌言所部数千人。
想起张煌言，郑成功也是有些膈应，无他，派别不一而已。张煌言说的策略，他也同意，也认为对，但却不想一样去做。
南京守军再少，攻城也会耗损大量精锐。若是损耗过多，怎么抵挡得住后续反扑的清军？
六月初的时候，郑成功在行进途中便拦截到了平南军信使，接收到了李柘的密信。只是李柘一个无名小卒，也敢对延平王大言不惭，说什么管效忠会诈降，进兵当速之类的混账话，让人生巅峰的延平王爷很是不满。
破了镇江之后，郑成功的军议上再次发生了分歧，中提督甘辉屡次建言：
“兵贵神速，乘此大胜，清军必然亡魂丧胆，没有时间预备抵抗，若是从陆路长驱直入，昼夜兼行，直奔南京，大有裨益。”
“若是清军敢于迎战，我军携破镇江之势，必然能一鼓作气，击败敌军；若是清军不出击，我军就围攻城池，隔绝援兵，先破四周，再破孤城。”
“若是从水路走，这时是逆风，必然会给予敌军时间，我军想要获胜，就要费更大的力气了。”
但除了提督甘辉、马信、参军潘庚钟赞同陆路急进，其余将领，大多赞同水路，顺江而上，哪怕逆流逆风，也不愿抛弃船只和家属。
郑成功不知为何，是自傲、还是自满、还是自信，还是陶醉于瓜州、镇江两战胜利和大批州县的望风来附，麾下两边完全不同的意见，居然先后都同意了。
于是，提督甘辉提议的兵贵神速，陆路一举破城的策略，郑成功只采纳了一半，只有甘辉、马信率领所部万人作为前锋，百里疾驰，一日夜便到南京城下，趁夜顺利攻占了正阳门，直到白天，已经占据大段外城墙。
南京清兵也少，却是奋力反扑。从贵州来的满兵援军，在梅勒章京噶褚哈、玛尔赛、吐尔玛率领下，连番激战，屡屡被明军拦截。
甘辉派人顺江而下报捷并求援，郑成功主力却依旧慢悠悠，陆路一日夜可到的路程，水路走了整整十天才到。
甘辉、马信激战十日，数次攻进满城，被打了回来，兵力疲惫，看到援军到来，士气大振，请命会合援军，一鼓作气，攻破满城，活捉满清两江总督朗廷佐、管效忠等人。
不料，郑成功以先要祭祀太祖名义，拒绝继续进攻。满城清军本已惊慌失措，甚至要突围而走，看到明军攻势停了两天，便坚定信心，继续守城。
到南京后第四天，郑成功率领麾下文武官员祭奠太祖。这才开始慢吞吞部署战阵，却还是个围城策略。
参军潘庚钟也请求继续攻城，一举拿下南京，却被郑成功所谓“攻心之策”推辞。
满清水师提督管效忠派人请降，声称：
“大师到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降。”
郑成功本想拒绝，听到潘庚钟提到了李柘的密信，居然也有管效忠诈降之说，内心不喜。居然再次同意。
于是南京城便形成了外城包围满城，却一时间相安无事的静默战局。
围城十二天，管效忠没有投降，满城的防御却加强了，不仅旗人青壮尽数上城，清军江苏、浙江等地的援军陆续赶到。
苏松水师总兵官梁化凤亲统马步官兵3000余人、游击徐登第领马步兵300人、金山营参将张国俊领马步兵1000人、水师右营守备王大成领马步兵150人、驻防杭州协领牙他里等领官兵500人、甲喇章京佟浩年带领驻防杭州披甲满洲兵500人，浙江抚标游击刘承荫领精兵500，湖广、江西等地清军，都是星夜驰援。
外围各部陆续接战，郑成功这才重新调整策略，一边攻满城，一边打援军。
明军连续攻满城数日，未能破城，反而伤亡惨重，士气大跌。
顿兵城下十余日，却不作战，加上家属一同到来，原本的精锐，变成了士气低落、幻想清军投降的散装部队，不仅没有安排好外围防线，就连前锋镇精锐、余新部下的士卒，都开始离开汛地到江边捕鱼。
满城清军得知援兵已到，更加不会投降，反而派出信使，内外联络。
七月末，梁化凤率麾下步骑冲击仪凤门外营垒、管效忠从满城出兵出钟阜门对明军营垒发起冲击。
余新所部措手不及，连盔甲器械都来不及披挂周全就仓促上阵，很快被清军击败，余新被俘，清军初战告捷，打破外城包围，开始在城外扎营。
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