随着越来越严峻的形势，犹太人每天都面临死亡的威胁，森德勒和同伴开始着手建立了帮助犹太儿童逃跑的大屠杀网络。18个月的时间，她们几乎每天要冒生命危险，无数次掩护犹太孩子们离开死亡集中营。她们的行为遭到犹太父母们的质疑，经常被问的问题就是：“（你）如何才能保证让自己的孩子能活下来？”森德勒只能如实相告：“（我）不能。”因为她都不确定自己能不能活着离开隔离区。有的父母抱有一丝希望，让他们把孩子带走，有的则声称要“考虑几天”，然而当森德勒再回去的时候，多数的犹太家庭已经全家被送往死亡集中营了。
就这样，2500多名犹太儿童被森德勒藏在担架下、手提箱、垃圾袋甚至是尸体袋里，偷偷通过救护车带出隔离区。他们有的送到孤儿院、修道院，或者一些愿意帮助犹太人的平民家庭躲避灾难。为了保住这些生命随时会遭到威胁的孩子，森德勒和她的同伴为孩子不眠不休连续几个昼夜赶制出3000份伪造证件。
为了让这些孩子日后可以和亲人团聚，森德勒制作了一份名单，上面详细记录了每个孩子的真实姓名和假身份，许许多多的名字就这样被记在薄薄的餐巾纸上。1943年10月，闻讯而来的纳粹党包围了森德勒的住所，危急时刻，她让同伴将名单藏在内衣中，为了掩护同伴逃走，她自己则坦然走出住所。就这样，年仅33岁的森德勒被关进臭名昭着的帕瓦克监狱，腿骨和脚骨都被打断了，也没有说出任何信息。纳粹党决心要杀了她。为了营救森德勒，华沙地下组织成员筹集大量现金贿赂了执行死刑的人，奄奄一息的森德勒被丢到了树林里被同伴救了出来。纳粹以为森德勒已经被处决，她的名字出现在第二天的枪杀名单上，因此被救出的森德勒只能过着隐姓埋名的生活。可改头换面后森德勒仍旧奋战在营救犹太人的队伍中。
1944年，华沙起义，为了能让名单上的孩子跟父母重聚，森德勒将她记录下的《森德勒名单》装在玻璃瓶中，秘密埋藏在朋友公寓外的苹果树下。1945年，二战结束了，森德勒从树下挖出瓶子，将名单交给波兰犹太人中央委员会，希望兑现自己的承诺：将自己带出的孩子送还给他们的父母。
遗憾的是，仅有几个孩子找到了自己的家人，多数孩子的父母都已被杀害或失踪了。幸运的是，这些孩子的生命得以延续。自此后，整整54年，由于波兰政府的阻挠，艾琳娜·森德勒从未被批准出国，她过着像普通人一样清贫的生活。她救过2500多个孩子的事迹被埋没在历史长河中，直到1999年，她的故事在大洋彼岸的几个曾是《森德勒名单》上的孩子的“调查研究”下，已经90岁的艾琳娜·森德勒才被大众所知晓，为之而来的是举世震惊与迟到的荣誉。
2003年，教皇保罗二世给森德勒写了亲笔信，赞扬她在战争期间的卓绝行为。2003年10月，森德勒被波兰授予最高荣誉白鹰奖，2009年波兰的纪念银币还印上了她的形象。2007年和2008年，艾琳娜·森德勒连续两年获得了诺贝尔和平奖提名奖。
2008年5月12日，98岁的艾琳娜·森德勒在波兰安祥地走完了自己的一生。当时媒体将她的事迹与《辛德勒的名单》中记录的那位在二战时雇用了1100多名犹太人在他的工厂工作，从而帮助他们逃过被屠杀的德国人奥斯卡·辛德勒（Oskar Schindler）相提并论，称她为“女辛德勒”。
即便是一片黑暗的世界也总有人性之光熠熠生辉。
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